尽管巴赫音乐造诣出众,他在米尔豪森仍遇到一些问题——神学思想的争议。教堂的牧师弗罗内(J. A. Frohne)是虔信派信徒,担忧在仪式中过度使用音乐艺术的话,会增加世俗的诱惑。教堂的前任管风琴师又是保守音乐风格的捍卫者,巴赫创新的音乐风格自然不太受欢迎,当地人将巴赫的革新乐风冠上“世俗化”、“野蛮”等字眼。
1714年,巴赫升为副乐长,也就是乐团首席(Konzertmeister),有责每个月提供一出清唱套曲,到1716年为止,他创作了约一个礼仪年的清唱套曲;而时任乐长的儿子约翰·威廉·德雷泽(Johann Wilhelm Drese)负责宫廷里的一切世俗音乐。另外,此阶段巴赫的管风琴曲创作量居各阶段之冠,作品也臻至成熟,他成为欧洲最具代表性的管风琴演奏家兼作曲家。他的演奏之高妙,很快便染上传奇色彩,与巴赫同时代的某人在聆听完他在卡塞尔为皇太子(未来的腓特烈·威廉一世)的演奏后写道: