上任没有多久,当局的多头马车就对巴赫的工作造成困扰。圣保罗大学教堂在1710年后,在宗教礼拜仪式上,除了少数特别庆节才举行的“旧仪式”(由圣托马斯指挥负责)外,又新增了“新仪式”于每周日举行,当初库瑙费尽心力才取得该仪式的音乐指导权,后来圣保罗的琴师歌尔纳(J. G. Görner)自荐免费提供新仪式的服务,所以巴赫就职后便管不到这份差事。这对巴赫来说颇有损失,因为他需要这份酬劳,也需要借此职务与大学建立关系。巴赫试着在旧仪式上表现他的技艺,但当局不怎么感动,给他的酬劳远比库瑙少了14塔勒,于是巴赫在1725年间接连写了三封信,向最高当局,也就是选侯奥古斯特二世陈情。巴赫的请求起了作用,也因此得到和库瑙同等的待遇,但大学始终不愿将两种仪式都交给他负责。行动失败后,巴赫灰心的把旧仪式的业务交给一位学生处理;此举激怒了当局,他们本来就轻视巴赫的教育背景,巴赫如今的行为则令当局清楚表明不让他兼这份差。
▲巴赫的雕像,位于圣托马斯教堂前
类似的状况也在之后发生。1727年,一名贵族出身的大学生基希巴赫(Hans Carl von Kirchbach)自愿在大学教堂献一台弥撒,纪念萨克森选侯的亡妻。基希巴赫获得批准后,便编了一首丧礼颂诗,交给巴赫作曲。大学当局却认为歌尔纳才是适当人选,当基希巴赫以曲子已完成为由拒绝歌尔纳作曲后,当局又告诉他曲子将由歌尔纳演出,没巴赫的份。在基希巴赫力争之下,当局用12塔勒安抚歌尔纳,却要求巴赫签署一份文件,保证今后若未得到当局同意,不得为圣保罗教堂提供任何音乐服务,而巴赫拒绝签署。虽然当局打压巴赫,但莱比锡的学生却日渐与巴赫往来密切,刺激他创作出数首世俗清唱套曲,还吸引不少大学生参与他的音乐,巴赫也不吝向其他音乐机构举荐他所青睐的学生。后来巴赫在选择晚祷圣诗的职权受到圣尼古拉教堂一位助理执事的挑战,教会当局却偏袒执事;巴赫向市议会申诉后才得到平反。