▲无忧宫里的室内乐。吹笛者为腓特烈大帝，弹琴者为C.P.E.巴赫

巴赫在世的最后十年仍有新作品推出，并且其音乐更趋于逻辑化和深邃（但这不代表旋律及情感会被忽视），他将这种基调发挥在他最后的器乐杰作上。

1739年－1742年间，巴赫出版了《平均律键盘曲集》的第二部；1741年－1742年间出版《键盘练习》的第四部，又名《郭德堡变奏曲》。但他花费更多时间在修订及完成先前的创作上，例如清唱套曲、弥撒、受难曲。有趣的是，巴赫仍在学习，他开始复制、改编、扩增前人的作品，这些人包括帕莱斯特里纳和一些巴洛克早、中期的作曲家，巴赫试图将从古至今所有可能的复调手法统合为一。他也采纳了一些当代作曲家的音乐元素，例如亨德尔、许特策尔；甚至编制并改写了年轻一代作曲家的作品，包括裴高雷西、郭德堡，后者是巴赫的学生。

1740年，就在普鲁士腓特烈大帝即位的同年，C.P.E.巴赫（巴赫第三子）获选为其宫廷的大键琴手，并负责为国王吹奏长笛时伴奏。在腓特烈的推动下，首都柏林逐渐成为当时的音乐重镇。

巴赫在1741年初赴柏林探望C.P.E.巴赫，但稍后由于政治局势的问题，使得巴赫几年后才再访。1747年，巴赫应邀前往柏林近郊的波茨坦无忧宫聆赏皇家音乐，也试奏了国王向他展示的新乐器——古钢琴。而巴赫素以即兴演奏闻名，国王便给了他一段长而复杂的主题（Thema Regium），令他当场即兴一首三声部赋格；巴赫做到了，但国王又以六声部赋格考验他，巴赫告诉国王自己需要足够的时间准备。有了这个动机，在巴赫回到莱比锡两个月后，便出版了以国王的主题发展的一套器乐作品，就是著名的《音乐的奉献》。同年6月，他加入了由学生米兹勒创办的“音乐科学学会”（Correspondierende Societät der musicalischen Wissenschaften），为此他提交了《卡农变奏曲：我自天上来》作为入会证明，后来便出版了它。

巴赫最后的传世之作是《赋格的艺术》，是在其生命的最后十年所作，但没有完成，直到巴赫逝世后才出版；事实上巴赫在1740年代早期就已写出这套作品的大部分，后来才加上两首赋格与两首卡农。

巴赫晚年疑似患有糖尿病，且可能在1749年中之前已一度中风。而大概也是从此时起，莱比锡市议会便开始讨论一旦巴赫去世，该选谁为继任人选。德累斯顿宫廷的一名官员布吕尔伯爵（Graf von Brühl）推荐戈特洛布·哈雷尔（Gottlob Harrer）为下任圣托马斯教堂唱诗班指挥，于1749年6月8日举行试演会。尽管巴赫的身体并没有差到随时会去世的地步，然而在生命的最后几年，白内障使巴赫的视力逐渐丧失。1750年，英国著名的眼科庸医约翰·泰勒（"Chevalier" John Taylor，他在1758年也替亨德尔治疗）刚好途经莱比锡，替巴赫的眼睛动了两次手术，但都没有成功。后来巴赫的视力一度奇迹似的恢复，但十天后，也就是该年的7月28日，巴赫仍因为严重高烧导致的二次中风而病逝，享寿六十五岁。随后在莱比锡举行葬礼。

市议会至此对巴赫的死无动于衷，给予巴赫生前的评价极为普通。而巴赫却意外地没有留下遗嘱，他死后房屋由九个在世的子女与遗孀安娜均分。市议会当局似乎有意苛扣给付遗孀的救济金，而似乎也只有C.P.E.巴赫在这段时间给予继母安娜实质的帮助，提供J.C.巴赫（巴赫第11子）所需的教育。安娜从此在贫民救济院度过余生，直到1760年2月也随巴赫而去。

▲无忧宫里的室内乐。吹笛者为腓特烈大帝，弹琴者为C.P.E.巴赫

巴赫在世的最后十年仍有新作品推出，并且其音乐更趋于逻辑化和深邃（但这不代表旋律及情感会被忽视），他将这种基调发挥在他最后的器乐杰作上。

1739年－1742年间，巴赫出版了《平均律键盘曲集》的第二部；1741年－1742年间出版《键盘练习》的第四部，又名《郭德堡变奏曲》。但他花费更多时间在修订及完成先前的创作上，例如清唱套曲、弥撒、受难曲。有趣的是，巴赫仍在学习，他开始复制、改编、扩增前人的作品，这些人包括帕莱斯特里纳和一些巴洛克早、中期的作曲家，巴赫试图将从古至今所有可能的复调手法统合为一。他也采纳了一些当代作曲家的音乐元素，例如亨德尔、许特策尔；甚至编制并改写了年轻一代作曲家的作品，包括裴高雷西、郭德堡，后者是巴赫的学生。

1740年，就在普鲁士腓特烈大帝即位的同年，C.P.E.巴赫（巴赫第三子）获选为其宫廷的大键琴手，并负责为国王吹奏长笛时伴奏。在腓特烈的推动下，首都柏林逐渐成为当时的音乐重镇。

巴赫在1741年初赴柏林探望C.P.E.巴赫，但稍后由于政治局势的问题，使得巴赫几年后才再访。1747年，巴赫应邀前往柏林近郊的波茨坦无忧宫聆赏皇家音乐，也试奏了国王向他展示的新乐器——古钢琴。而巴赫素以即兴演奏闻名，国王便给了他一段长而复杂的主题（Thema Regium），令他当场即兴一首三声部赋格；巴赫做到了，但国王又以六声部赋格考验他，巴赫告诉国王自己需要足够的时间准备。有了这个动机，在巴赫回到莱比锡两个月后，便出版了以国王的主题发展的一套器乐作品，就是著名的《音乐的奉献》。同年6月，他加入了由学生米兹勒创办的“音乐科学学会”（Correspondierende Societät der musicalischen Wissenschaften），为此他提交了《卡农变奏曲：我自天上来》作为入会证明，后来便出版了它。

巴赫最后的传世之作是《赋格的艺术》，是在其生命的最后十年所作，但没有完成，直到巴赫逝世后才出版；事实上巴赫在1740年代早期就已写出这套作品的大部分，后来才加上两首赋格与两首卡农。

巴赫晚年疑似患有糖尿病，且可能在1749年中之前已一度中风。而大概也是从此时起，莱比锡市议会便开始讨论一旦巴赫去世，该选谁为继任人选。德累斯顿宫廷的一名官员布吕尔伯爵（Graf von Brühl）推荐戈特洛布·哈雷尔（Gottlob Harrer）为下任圣托马斯教堂唱诗班指挥，于1749年6月8日举行试演会。尽管巴赫的身体并没有差到随时会去世的地步，然而在生命的最后几年，白内障使巴赫的视力逐渐丧失。1750年，英国著名的眼科庸医约翰·泰勒（"Chevalier" John Taylor，他在1758年也替亨德尔治疗）刚好途经莱比锡，替巴赫的眼睛动了两次手术，但都没有成功。后来巴赫的视力一度奇迹似的恢复，但十天后，也就是该年的7月28日，巴赫仍因为严重高烧导致的二次中风而病逝，享寿六十五岁。随后在莱比锡举行葬礼。

市议会至此对巴赫的死无动于衷，给予巴赫生前的评价极为普通。而巴赫却意外地没有留下遗嘱，他死后房屋由九个在世的子女与遗孀安娜均分。市议会当局似乎有意苛扣给付遗孀的救济金，而似乎也只有C.P.E.巴赫在这段时间给予继母安娜实质的帮助，提供J.C.巴赫（巴赫第11子）所需的教育。安娜从此在贫民救济院度过余生，直到1760年2月也随巴赫而去。